Pierwotne plany zakładały lokalizację siedziby muzeum nad Trasą Łazienkowską w Warszawie. Na głośny, międzynarodowy konkurs zorganizowany w 2009 roku wpłynęły 324 projekty z całego świata, a pierwszą nagrodę uzyskała koncepcja koncepcja pracowni Paczowski et Fritsch Architects z Luksemburga. W marcu bieżącego roku podjęto decyzję o lokalizacji Muzeum Historii Polski na terenie Cytadeli Warszawskiej oraz powierzeniu projektu pracowni WXCA, autorom koncepcji budowanego tu Muzeum Wojska Polskiego. 21 lipca odbyło się specjalne posiedzenie Rady Ministrów, podczas którego przyjęto uchwałę w sprawie ustanowienia programu wieloletniego "Budowa Muzeum Historii Polski w Warszawie".
Budowa realizowana będzie w ramach wieloletniego programu rządowego opiewającego na 310 mln zł. W pierwszym roku, czyli w 2016 r., pierwsza transza wyniesie 11,6 mln zł” - poinformowała premier na konferencji prasowej po posiedzeniu rządu.
Siedziba MHP o powierzchni około 24 tys. m2 powstanie na terenie Cytadeli Warszawskiej w zespole muzealnym, do którego należeć będzie już istniejące Muzeum X Pawilonu, budowane Muzeum Katyńskie oraz Muzeum Wojska Polskiego. Muzeum Historii Polski zajmie główne miejsce w całym kompleksie w tzw. Cytadeli Muzeów. Jak zadeklarowała premier Ewa Kopacz Otwarcie muzeum będzie miało miejsce w 2018 r. Chcielibyśmy, by to otwarcie nastąpiło w listopadzie w 100. rocznicę odzyskania niepodległości. Budowa ma zostać sfinansowana z budżetu państwa.
W nowym gmachu Muzeum znajdzie się przede wszystkim ekspozycja stała Muzeum. Narracyjna wystawa przedstawi najważniejsze wątki dziejów Polski, w tym historię polityczną, kultury, życia społecznego i obyczajów. Centralne miejsce znajdzie w niej historia polskiej wolności. Wystawa, opowiadająca chronologicznie o dziejach Polski, będzie złożona z siedmiu galerii: Polska Piastów i Jagiellonów, Dawna Rzeczpospolita, Wiek XIX. Pod zaborami, II Rzeczpospolita, II wojna światowa, PRL i aneks (tematy po roku 1989). Na ekspozycji znajdą się oryginalne obiekty oraz prezentacje audiowizualne, scenograficzne i multimedialne. W nowym gmachu przewidziana została także sala wystaw czasowych.