Już w roku 2013 dyrekcja Muzeum Warszawy wraz z biurem Mąka, Sojka Architekci rozpoczęła prace nad analizą funkcjonalną i przestrzenną 11 staromiejskich kamienic stanowiących siedzibę instytucji. Dopiero po zakończeniu tego etapu można było zlecić przygotowanie projektów budowlanych i wykonawczych. Najpierw do celów ekspozycyjnych przystosowano dotąd w większości niedostępne piwnice, których rodowód sięga średniowiecza. Kolejny etap stanowiła renowacja fasad. Po przeprowadzeniu badań stratygraficznych postanowiono przywrócić im kolorystykę z czasów odbudowy Starego Miasta, zmienioną w latach 70. i 80.
W rezultacie prac konserwatorskich fasada kamienicy pod nr. 30 wyraźnie pociemniała. Była różowa, teraz ma kolor zbliżony do długo wypalanej cegły. W kamienicy Baryczkowskiej zmiany są znacznie bardziej widoczne. Jaskrawą zieleń zastąpiła stonowana barwa oliwkowa. Największy problem pojawił się w przypadku kamienicy pod nr. 34. Na elewacji odnaleziono fragmenty polichromii wykonanych w 1928 roku przez Zofię Stryjeńską. Ponieważ dążono do nadania pierzei wyglądu z lat 50., służby konserwatorskie nie zgodziły się na odtworzenie dekoracji. Została jedynie zabezpieczona i zamalowana. Pierwotny charakter zdecydowano też przywrócić wnętrzom. Oczyszczono je więc z dziesiątków przepierzeń i późniejszych naleciałości, eksponując to, co pozostało z czasów odbudowy: drewniane klatki schodowe, malowidła czy choćby masywne ławki projektowane przez Stanisława Żaryna. Przy okazji wymieniono kilometry przewodów i instalacji. Konstruktor Stanisław Karczmarczyk odważył się na poprowadzenie większości kanałów w ścianach, dzięki czemu uniknięto podnoszenia poziomu posadzek czy też poprowadzenia okablowania na zewnątrz. Konieczne było również wzmocnienie niektórych stropów, m.in. w części pomieszczeń od ulicy Nowomiejskiej, gdzie przewidziano archiwum.
i
W trakcie prac na parterze kamienicy pod nr. 36 odkryto XVII-wieczne polichromie. Podobnie jak inne zachowane dekoracje tego typu zostały poddane konserwacji. Pierwotnie planowano, że zabytkowe sufity będą odnawiane po demontażu. Okazało się to jednak niemożliwe, ponieważ w międzywojniu deski podczepiono specjalnymi haczykami do żelbetowego stropu. Ostatecznie prace prowadzono in situ. W trakcie modernizacji odrestaurowano też malowidła XX-wieczne. Na ściany muzealnej czytelni przeniesiono rysunki z tzw. Pokoju Grafików wydawnictwa Iskry, które od lat 50. pozostawiali tam tacy artyści jak Jan Młodożeniec, Szymon Kobyliński czy Józef Wilkoń. Kiedy wydawnictwo wyprowadzało się ze swojej siedziby przy ulicy Smolnej, powstał pomysł uratowania malunków. Wszystkie zostały zdjęte i poddane konserwacji przez profesora ASP Pawła Marka Jakubowskiego. W czytelni wyeksponowano także meble zaprojektowane do tej przestrzeni przez Stanisława Zamecznika w drugiej połowie lat 50., co sprawia, że wnętrze stało się nietypową galerią polskiej sztuki czasów odwilży. Zmiany dokonane od 2012 roku sprawiły, że dziś jest to praktycznie nowe muzeum, o ekspozycji wprawdzie pozbawionej multimediów, jednak nowoczesnej, wykorzystującej coraz bardziej popularną w muzealnictwie ideę gabinetów. Choć zwiedzający nadal krążą po labiryncie sal, wystawa nie oferuje już linearnej opowieści od średniowiecza po współczesność, lecz kreśli historię miasta poprzez przedmioty zgromadzone w osobnych pokojach tematycznych. Na razie jest ich osiem, docelowo będzie 21. Nie wszyscy akceptują te zmiany. W dniu otwarcia protestował m.in. obrońca zabytków Janusz Sujecki, krytykując choćby brak sal ukazujących obronę stolicy we wrześniu 1939 roku, okupację niemiecką, powstania w getcie i warszawskie. Czy ma rację? Nie sposób odpowiedzieć przed ukończeniem całej wystawy.
