A zatem Muzeum ukończone. Stanowi efekt wielu lat wspólnej pracy historyków, architektów, scenografów, inżynierów i ludzi innych profesji. Sercem Muzeum jest wystawa główna, powstała dzięki ofiarności tysięcy darczyńców, przekazujących nam często najcenniejsze rodzinne pamiątki. Symboliczną wymowę ma także sam gmach, którego nowoczesna architektura najwyższej próby wpisuje się w pejzaż Gdańska, bryłą i kolorystyką nawiązując do wież gotyckich, ceglanych kościołów, dominujących nad Głównym i Starym Miastem. Wszystko to w miejscu, gdzie do 1945 roku istniała dzielnica Wiadrownia, zniszczona w trakcie działań wojennych.
Teraz Muzeum przywraca do życia tę część miasta, która zniknęła wówczas z powierzchni ziemi. Muzeum przedstawia opowieść o wojnie, w której właściwe miejsce zostaje przywrócone doświadczeniu Polski i naszej części Europy. Jest ono często słabo znane i rozumiane w dominujących światowych narracjach na temat tego najtragiczniejszego konfliktu w dziejach. W Muzeum II Wojny Światowej pokazujemy, jak brutalny charakter miała niemiecka okupacja Polski i innych krajów na Wschodzie, nieporównywalny z tym, co działo się w Europie Zachodniej. Przypominamy zbrodniczy sojusz dwóch totalitaryzmów – III Rzeszy i Związku Radzieckiego, które wspólnie najechały Polskę, a dopiero potem zwróciły się przeciwko sobie. Opowiadamy też o odmiennym doświadczeniu końca wojny: jednym narodom przyniósł on pełną swobodę, innym koniec niemieckich zbrodni, ale jednocześnie początek nowego zniewolenia – ze strony Związku Radzieckiego. W naszej części Europy konsekwencje wojny zostały przezwyciężone dopiero w 1989 roku, wraz z rozpadem bloku wschodniego. W centrum muzealnej opowieści stawiamy ludność cywilną, która była główną ofiarą wojny, a zarazem jej zbiorowym bohaterem. Chcemy przywrócić pamięć o zwykłych ludziach, walczących o wolność i godność czy po prostu o przetrwanie. Mamy nadzieję, że Muzeum stanie się ważnym głosem w polskich i światowych dyskusjach o II wojnie światowej i jej skutkach, będzie też pokazywało, do jak strasznych konsekwencji prowadzą nienawiść i przemoc. To przesłanie nie tylko historyczne, lecz głęboko uniwersalne i ponadczasowe, ponieważ te zjawiska i uczucia towarzyszą nam do dzisiaj, są wokół nas i w nas samych. Ostateczny efekt ocenią zwiedzający, dla których to Muzeum powstało.
